I tynntarmen blandes chymen med galle fra leveren og enzymer fra bukspyttkjertelen, som bidrar til ytterligere å bryte ned karbohydrater, proteiner og fett i maten. Tynntarmens vegger er foret med små fingerlignende fremspring kalt villi, som øker overflatearealet for absorpsjon av næringsstoffer. Næringsstoffene blir deretter absorbert i blodet gjennom villi.
All ufordøyd mat som blir igjen etter å ha passert gjennom tynntarmen, beveger seg inn i tykktarmen eller tykktarmen. I tykktarmen absorberes vann og elektrolytter, og det gjenværende avfallsmaterialet formes til avføring. Avføringen lagres deretter i endetarmen til den er eliminert fra kroppen gjennom anus.
Totalt sett spiller fordøyelsessystemet en viktig rolle i å bryte ned maten til dets næringsstoffer, som deretter brukes av kroppen for energi og vekst. Det fjerner også avfallsstoffer fra kroppen.