Enzymene inne i lysosomer fordøyer et bredt spekter av biomolekyler, inkludert:
- Proteiner
- Karbohydrater
- Lipider
- Nukleinsyrer
Lysosomer inneholder også enzymer som kan bryte ned cellemembraner og andre cellulære strukturer. Dette gjør at lysosomer kan spille en rolle i celledød og resirkulering.