Den store brannen i London hadde faktisk en negativ innvirkning på pesten. Brannen ødela mange av de infiserte bygningene og drepte mange av de infiserte menneskene, men den skapte også ideelle forhold for at pesten kunne spre seg. De hjemløse overlevende fra brannen ble tvunget til å leve under overfylte og uhygieniske forhold, noe som gjorde dem mer utsatt for sykdommen. I tillegg forstyrret brannen byens infrastruktur, noe som gjorde det vanskelig å distribuere mat og vann og kontrollere spredningen av sykdommen. Som et resultat fortsatte pesten å spre seg i London i flere måneder etter brannen.
