Hvis en mutasjon ikke resulterer i en endring i aminosyresekvensen, er den kjent som en stille mutasjon og vil ikke ha noen effekt på proteinet. Dette kan oppstå når mutasjonen ikke endrer kodonet eller når den endrer kodonet til et som koder for samme aminosyre.
Videre er mutasjon i ikke-kodende regioner, slik som introner eller intergene regioner, mindre sannsynlig å være skadelig fordi disse regionene ikke er direkte involvert i proteinsyntese eller regulering.