Milt: Milten er det organet som er oftest og hardt rammet i kala azar. Den blir forstørret, overbelastet og fast, og veier ofte flere ganger sin normale størrelse. Denne forstørrelsen kan føre til ubehag i magen, smerte og en følelse av metthet.
Lever: Leveren er også ofte påvirket i kala azar. Den blir forstørret og tett, på samme måte som milten. I alvorlige tilfeller kan leverskader oppstå som fører til gulsott, ascites (væskeansamling i magen) og nedsatt leverfunksjon.
Beinmarg: Benmargen er stedet der Leishmania-parasitter formerer seg og sprer seg i hele kroppen. Infiltrasjon av parasitter i benmargen kan føre til redusert produksjon av blodceller, noe som resulterer i anemi, trombocytopeni (lavt antall blodplater) og leukopeni (lavt antall hvite blodlegemer).
I tillegg til disse primære organene kan kala azar også påvirke andre deler av kroppen, for eksempel huden, lymfeknuter og mage-tarmkanalen. De spesifikke symptomene og komplikasjonene ved kala azar kan variere avhengig av individet og alvorlighetsgraden av infeksjonen.