Fordøyelsesenzymer er ikke nødvendige for mekanisk fordøyelse. Mekanisk fordøyelse er den fysiske nedbrytningen av mat i mindre biter ved å tygge, male og blande. Fordøyelsesenzymer er ikke involvert i denne prosessen. De er nødvendige for kjemisk fordøyelse, som er nedbrytning av mat til dens kjemiske komponenter av enzymer. Kjemisk fordøyelse skjer etter mekanisk fordøyelse.