Enzymet som finnes i magesaften som fordøyer proteiner er pepsin. Pepsin er et proteaseenzym som skilles ut av hovedcellene i magekjertlene i magen. Det er aktivt i det sure miljøet i magen og bryter ned proteiner til mindre peptider. Pepsin er spesielt viktig for fordøyelsen av kjøtt og andre animalske produkter. Det fungerer sammen med andre enzymer, for eksempel saltsyre, for å bryte ned de komplekse proteinene til mindre molekyler som lettere kan absorberes av kroppen.
