I tynntarmen fortsetter bukspyttkjertelamylase nedbrytningen av stivelse til disakkarider som maltose, sukrose og laktose. Disse disakkaridene brytes deretter ytterligere ned av spesifikke enzymer, som maltase, sukrase og laktase, til monosakkarider som glukose, fruktose og galaktose.
Monosakkaridene absorberes deretter gjennom tynntarmens vegger og transporteres til leveren. Leveren omdanner noen av monosakkaridene til glykogen for lagring, og resten slippes ut i blodet for å brukes til energi eller lagres som fett.
Hvis noen ufordøyde karbohydrater når tykktarmen, kan de fermenteres av bakterier, og produsere gasser som hydrogen, karbondioksid og metan. Denne gjæringsprosessen kan føre til oppblåsthet, gass og ubehag.