Mekanisk havari :Begge typer fordøyelsessystemer bruker mekaniske prosesser for å bryte ned mat. Ufullstendige fordøyelsessystemer kan bruke strukturer som tenner eller kråser for fysisk å bryte ned mat, mens komplette fordøyelsessystemer bruker spesialiserte strukturer som munn, spiserør og mage for å mekanisk bearbeide det.
Kjemisk sammenbrudd :Både ufullstendige og komplette fordøyelsessystemer bruker enzymer til kjemisk å bryte ned komplekse matmolekyler til enklere komponenter. Enzymer produsert av ulike organer og kjertler i fordøyelsessystemet letter nedbrytningen av karbohydrater, proteiner og lipider til mindre molekyler som glukose, aminosyrer og fettsyrer.
Absorpsjon :Absorpsjonen av næringsstoffer fra fordøyd mat skjer i både ufullstendige og komplette fordøyelsessystemer. I begge tilfeller letter spesialiserte strukturer, som tynntarmen i komplette fordøyelsessystemer eller det gastrovaskulære hulrommet i ufullstendige fordøyelsessystemer, absorpsjonen av næringsstoffer i blodet.
Avfallsfjerning :Både ufullstendige og komplette fordøyelsessystemer har mekanismer for å eliminere ufordøyd mat og avfallsprodukter. Ufullstendige fordøyelsessystemer kan utvise avfall gjennom den samme åpningen som brukes til å innta mat, mens komplette fordøyelsessystemer har spesialiserte strukturer, for eksempel anus eller cloaca, dedikert til å eliminere avfall.