Den viktigste fordøyelsesfunksjonen som forekommer i magen er proteinfordøyelsen. Magen er et muskelorgan som skiller ut magesaft, som inneholder saltsyre og enzymet pepsin. Saltsyre skaper et surt miljø i magen, som dreper bakterier og denaturerer proteiner, noe som gjør dem mer utsatt for fordøyelsen av pepsin. Pepsin er en protease som bryter ned proteiner til mindre peptider, og starter prosessen med proteinfordøyelse.
