Pepsin er et enzym som produseres av hovedcellene i magen og er aktivt i magen. Den fungerer best i det sure miljøet i magen, som har en pH på rundt 1,5 til 2,0. Pepsin bryter ned proteiner til mindre peptider og er spesielt effektiv til å fordøye kollagen, et protein som finnes i bindevev. Saltsyren som produseres av parietalcellene i magen bidrar til å skape det sure miljøet som er nødvendig for at pepsin skal fungere effektivt. Pepsin er inaktivt ved høyere pH-nivåer, slik som de som finnes i tynntarmen, og aktiviteten er derfor begrenset til magesekken.
