Lysosomer spiller en viktig rolle i prosessen med cellulær fordøyelse. Når en celle tar til seg mat, brytes maten først ned til mindre molekyler av enzymene i lysosomene. De resulterende molekylene blir deretter absorbert av cellen og brukt til energi eller til å bygge nye cellestrukturer. Lysosomer spiller også en rolle i prosessen med celledød. Når en celle dør, brister lysosomer og frigjør fordøyelsesenzymer, som bryter ned cellens innhold. Denne prosessen kalles autolyse.