Imidlertid kan det i visse tilfeller være nødvendig eller fordelaktig å bruke serum for Western blotting. For eksempel, hvis proteinet av interesse er tilstede i lav overflod i den rensede proteinprøven, kan bruk av serum øke sjansen for å oppdage proteinet. I tillegg kan serum brukes til å studere protein-protein-interaksjoner eller for å oppdage antistoffer mot spesifikke proteiner.
Hvis serum må brukes til Western blotting, er det viktig å ta skritt for å minimere potensialet for interferens og bakgrunnssignal. Disse trinnene kan omfatte:
* Klargjøring av serumprøven ved sentrifugering for å fjerne cellulært rusk og uløselige partikler.
* Fortynning av serumprøven for å redusere konsentrasjonen av forstyrrende stoffer.
* Bruke et blokkeringsmiddel, slik som bovint serumalbumin (BSA), for å minimere uspesifikke interaksjoner.
* Optimalisering av Western blotting-forholdene, slik som antistoffkonsentrasjoner og inkubasjonstider, for å redusere bakgrunnssignalet.
Generelt, mens bruk av serum for Western blotting generelt ikke anbefales på grunn av potensialet for interferens og bakgrunnssignal, kan det være nødvendig eller fordelaktig i visse tilfeller. Nøye optimalisering av Western blotting-forholdene er avgjørende ved bruk av serum.