De fleste makromolekyler fordøyes i tynntarmen. Tynntarmen er et langt, kveilet rør som forbinder magen med tykktarmen. Den er foret med villi, som er små, fingerlignende fremspring som øker overflaten av tarmen og hjelper til med å absorbere næringsstoffer. Tynntarmen produserer også enzymer som bryter ned makromolekyler til mindre molekyler som kan tas opp i blodet.
