Tynntarmen er beskyttet mot den etsende virkningen av saltsyre i chyme av bikarbonationene som skilles ut av bukspyttkjertelen. Bukspyttkjertelen skiller ut bikarbonationer inn i tolvfingertarmen, som bidrar til å nøytralisere den sure chymen som kommer inn fra magen. Dette bidrar til å beskytte tynntarmen mot de skadelige effektene av den sure chymen.