Den første typen DNA fingerprinting var RFLP eller begrensning fragment lengde polymorfisme analyse . Undersøkere vil skjære en DNA-prøve opp i mindre biter ved hjelp av restriksjons- enzymer, proteiner som kutter DNA , og deretter separere fragmentene etter størrelse. Et radioaktivt DNA-probe blir tilsatt , og vil binde seg til en tilsvarende sekvens i prøven. RFLP er en langsom arbeidskrevende prosess og krever store mengder av prøve-DNA; Dessuten er det mindre nøyaktig enn mer moderne teknikker , så det er i stor grad blitt erstattet av STR -analyse .