En fordøyelsessekk som ikke er relatert til andre endomembranstrukturer kalles et lysosom. Lysosomer er små organeller som finnes i cytoplasmaet til dyreceller. De er membranbundne vesikler som inneholder hydrolytiske enzymer som er i stand til å bryte ned ulike biomolekyler, inkludert proteiner, karbohydrater, lipider og nukleinsyrer. Lysosomer fungerer i intracellulær fordøyelse, avfallshåndtering og resirkulering av cellulære komponenter. De spiller en avgjørende rolle i å opprettholde cellulær homeostase og fjerne skadede eller unødvendige cellulære materialer. I motsetning til andre endomembranstrukturer som er involvert i syntese, modifikasjon og transport av molekyler, er lysosomer spesialisert på intracellulær fordøyelse og resirkulering.