Hos noen individer kan imidlertid laktaseproduksjonen være utilstrekkelig eller fraværende, noe som fører til en tilstand som kalles laktoseintoleranse. Når laktose når tykktarmen ufordøyd, møter den bakterier som fermenterer den, produserer gass og forårsaker symptomer som oppblåsthet, magesmerter og diaré.
Smerten som oppleves med laktoseintoleranse merkes ofte i nedre del av magen eller rundt navlen, som er forskjellig fra stedet der laktose ville bli fordøyd i tynntarmen (øvre del av magen). Dette er fordi gjæring av laktose av bakterier skjer først og fremst i tykktarmen, som er plassert i nedre del av magen.