Escherichia coli (E. coli) kan klassifiseres som en fakultativ anaerob. Dette betyr at selv om E. coli kan overleve i nærvær av oksygen (aerobe forhold), kan den også overleve i fravær av oksygen (anaerobe forhold). Under aerobe forhold utfører E. coli cellulær respirasjon, en prosess som bruker oksygen til å bryte ned organiske forbindelser og generere energi. Når oksygen ikke er tilstede, kan E. coli gå over til fermentering, en prosess som bryter ned organiske forbindelser uten å bruke oksygen, og genererer energi i form av ATP. Som en fakultativ anaerob kan E. coli tilpasse seg ulike miljøer og utnytte den mest effektive energiproduserende veien tilgjengelig.
